Önce limanın Karaköy bölgesinde bulunan tek ve iki katlı yolcu kabul ve pasaport işlemlerinin yapıldığı eski binalar ve antrepoların yıkım işi tamamlanmıştı. Daha önce yenileme ve güçlendirme yapılması planlanan Tarihi Karaköy Ana Yolcu Salonu da yıkılan binalar arasına katılmıştı. 2002 yılında Kültür ve Tabiat Varlıkları Koruma Kurulu tarafından “Korunması gereken kültür varlığı" olarak tescil edilen tarihi binanın yıkılması bazı sivil toplum kuruluşlarının tepkisine neden olmuştu. İnşaatı yapan firma tarafından aslına uygun bir şekilde yeniden yapılacağı açıklanan binadan geriye, yol tarafında bulunan küçük bir kısım ayakta kalmıştı.
